Nazaruddin Umar juga menyatakan bahwa pondok pesantren-lah yang pantas menjadi tuan rumah pendidikan di Republik ini. Menag mendukung upaya Majelis Masyayikh untuk terus meningkatkan kualitas mutu pendidikan pesantren.
Sebagai orang yang besar di pesantren, Prof Nazaruddin melihat sesuatu yang perlu diperkuat adalah sistem pendidikan yang berbasis pada ilmu ketuhanan. Ia mengingatkan Majelis Masyayikh, dalam melakukan kendali mutu pesantren, tidak berpatokan pada sistem pendidikan sekolah umum.
"Dalam mengukur Pondok Pesantren, kita jangan larut dengan ukuran-ukuran yang dibuat lembaga-lembaga yang sekuler, lembaga-lembaga yang dibentuk untuk kepentingan yang sangat pragmatis. Ukurlah pondok pesantren itu dengan ukurannya sendiri," jelasnya.
"Metodologi atau mungkin kita mulai dari ontologi, epistemologi, dan aksiologi di pondok pesantren itu sangat berbeda dengan perguruan atau sekolah tinggi atau universitas," lanjut Nazaruddin Umar di hadapan para Masyayikh.
